Dalam rangka pelaksanaan ketentuan Pasal 118 dan Pasal 121 Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 1999 dan dijabarkan melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 394 Tahun 2003, maka Kopertais Wilayah IV berupaya merealisasikan kebijakan tersebut sebagai bentuk terciptanya penjaminan mutu (quality assurance) bagi Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (PTAIS) di lingkungan Kopertais Wilayah IV. Hal ini dirasa sangat penting bagi Kopertais Wilayah IV dilatarbelakangi masih terdapat beberapa persoalan pengajuan Pendirian PTAIS, Pembukaan Program Studi Baru, Perpanjangan Izin Operasional, Pengajuan Alih Status, dan Akreditasi. Berdasarkan pemikiran tersebut, Kopertais Wilayah IV memberikan pedoman umum terkait dengan kelembagaan PTAIS.